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基因表达与杂交阵列数据库:GEO

更新时间:2019-09-25 06:56:16 大小:1M 上传用户:杨义查看TA发布的资源 标签:基因表达杂交阵列数据库GEO 下载积分:0分 评价赚积分 (如何评价?) 打赏 收藏 评论(0) 举报

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文档为基因表达与杂交阵列数据库:GEO总结文档,是一份不错的参考资料,感兴趣的可以下载看看,,,,,,,,,,,,,

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基因表达与杂交阵列数据库:GEO1  
罗烈伟  
广东药学院生物化学与分子生物学教研室,广州(510006)  
E-mail:
随着基因芯片技术的广泛应用生了海量的数据基因研究提供大量高通量数  
据资料有效地组织理如此大量的基因数据信息属于美国国立卫生研究院  
NCBI20007月启动了基因表达数据库计划的是尽量最大范围覆盖所有可能的高通  
量实验方法保持数据库的灵活性以适应未来发展的趋势GEO的主要功能是用来储存的  
检索高通量基因表达和杂交阵列数据。本文介绍一下当今最大、最全面的基因表达数据库  
GEO的构成、数据的提交与下载、数据检索与分析等。  
关键词:GEO;基因芯片;数据挖掘  
0. 前言  
近几年来着分子生物学技术的发展阵列芯片技术已成为生物学研究最重要的实  
验之一其是基因芯片的广泛应用生了海量的数据基因研究提供大量高通量数据  
资料有效地组织理如此大量的基因数据信息切需要一个统一管理的公共  
数据库、建立一种通用的数据标准格式,使数据能更好地与其它信息资源比较分析[1]。几个  
实验室和机构开始试图组建网上资源来散布这些高通量数据集[2]属于美国国立卫生研究  
院的 NCBI (National Center for Biotechnology Information),开始了一个基因表达汇编计划,  
即:基因表达综合库 (Gene Expression Omnibus, GEO),以便更好的支持公共使用和散布基  
因表达数据。GEO网上登录网址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo.  
GEO致力于建立一个开放的基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的  
来源检索基因表达数据,其数据格式支持MIAME(minimum information about a microarray  
experiment)GEO数据库创建于2000年,是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源,至  
今已存储了214,268个样本,8300个记录,4500个平台。GEO数据库覆盖广泛的生物学内容,  
包括疾病、代谢、药理学、药学、免疫学和生态学等。数据来自世界各地实验室研究者的提  
些杂志要求文章发表时将数据提交到一些公共数据库目的是可以让一些独立的研  
究机构来重新评价和分析这些数据的结果。可以提交的数据类型包括核苷酸阵列( cDNA、  
寡核苷酸、基因组抗体阵列,组织阵列,比较基因组杂交(comparative genomic  
hybridization,CGH基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE),高度平行信  
号序列测定(massively parallel signal sequencing,MPSS,质谱分析蛋白质组等技术,来自这  
些技术的实验数据都可被接受记和存档系列预先计算的数据的定义和描述及用  
于交互检索和分析这些数据的在线工具都被放入。  
1. GEO的构成  
GEO把研究者递交的数据分成三个等级的实体类型,分别是平台( platform) 、系列  
( series) 和样本( sample),它们每个均可保存到独立相关的数据库为它们分别被赋予了一  
个唯一的、永恒不变的标志符[3]GEO的组成图解和实例见图1.1 。  
1本课题得到广东省医学科研基金立项(项目编2008314)的资助。  
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